Планово-финансовый отдел как самостоятельное структурное подразделение был организован в январе 2006 года. В обязанности отдела входит разработка перспективных и текущих планов, прогнозирование затрат на содержание подразделений университета, определение потребностей в финансировании вуза из различных источников (федеральный бюджет, внебюджетная деятельность, доходы от научно-исследовательских работ и др.). Отдел занимается составлением смет доходов и расходов по всем видам деятельности, анализирует финансово-хозяйственную деятельность вуза, участвует в составлении перспективных проектов и годовых планов приема студентов.
Сотрудники отдела составляют статистические отчеты, разрабатывают штатное расписание, осуществляют контроль за соблюдением штатно-финансовой дисциплины.